Skip to Content.

fizinfo - [Fizinfo] Stat Fiz Szeminarium

fizinfo AT lists.kfki.hu

Subject: ELFT HÍRADÓ

Text archives


[Fizinfo] Stat Fiz Szeminarium


Chronological Thread 
  • From: StatFizSzeminar <statfiz AT glu.elte.hu>
  • To: fizinfo AT lists.kfki.hu
  • Subject: [Fizinfo] Stat Fiz Szeminarium
  • Date: Fri, 02 May 2014 10:00:10 +0200

# # # # # #

ELTE TTK Fizikai Intézet
STATISZTIKUS FIZIKAI SZEMINÁRIUM


2014. május 6.
szerda, 11 óra

Szöllősi Gergely

ELTE-MTA "Lendület" Biofizika Kutatócsoport


"A fajfa és génfák közös rekonstrukciója"


Mára több, mint ezer organizmus teljes genomszekvenciája ismert.
Az ezekben rejlő evolúciós információ feltárása és azok
hasznosítása, élő, ill. már kihalt organizmusok rendszerszintű
tulajdonságainak megértése a kortárs biológia egyik legizgalmasabb
kihívása. Bár maguk a genomszekvenciák rendelkezésünkre állnak, a
genomevolúció rekonstrukcióját komplikálja a genomokban található
egyes gének fragmentált, gyakorta látszólagosan ellentmondásos
története.

Az egyes géncsaládok története ugyanis egyedi topológiával és (a
szekvenciaváltozás rátáját jellemző) ághosszakkal rendelkező
génfával jellemezhető. Az egyedi génfák erdejének összehasonlítása
és a bennük rejlő evolúciós történet megértése csak az ezeket a
géneket hordozó fajok "történelmének" segítségével lehetséges, ez
viszont gyakran ismeretlen. Ahhoz tehát, hogy rekonstruáljuk a
fajok történelmét és feltárjuk a gének történetét, szükséges a
kettő kapcsolatának explicit modellezése. Ma az az izgalmas
helyzet áll fenn, hogy a DNS-szekvenálási technológiák, a
számítógépes módszerek és erőforrások, ill. az algoritmikai és
matematikai technikák olyan szintre értek, hogy lehetővé teszik a
szerveződés szintek közötti összefüggéseinek modellezését.

A közelmúltban ezt a lehetőséget megragadva olyan módszereket
fejlesztettünk ki, amelyek a külön-külön kuszának tűnő
géntörténetek sokaságát egy, a közös fajfa mentén történő
evolúciós folyamatként szemlélik. Több tucat teljes
genomszekvencián alapuló adathalmaz segítségével megmutattuk, hogy
a fajfa és génfák közös rekonstrukciója drámaian pontosabb
génfákat eredményez, mint a géncsaládokat külön-külön kezelő,
kizárólag szekvencián alapuló módszerek. Ez azért jelentős
felismerés, mert pontosabb génfák segítségével az ősi genomok
géntartalmáról is pontosabb képet kapunk és lehetőség nyílik ősi
organizmusok rendszerszintű tulajdonságainak, valamint ősi gének
közötti interakcióknak a meghatározására.


1117, Budapest, Pázmány P. sétány 1/A, Északi tömb 2.54
honlap: http://glu.elte.hu/~statfiz

# # # # # #



Archive powered by MHonArc 2.6.19+.

Top of Page