ELFT HÍRADÓ

[StatFizSzeminar <statfiz AT glu.elte.hu>]

                   #    #    #    #    #    #

                    ELTE TTK Fizikai Intézet
                STATISZTIKUS FIZIKAI SZEMINÁRIUM


                         2014. május 6.
                         szerda, 11 óra

                        Szöllősi Gergely

        ELTE-MTA "Lendület" Biofizika Kutatócsoport
                   
                   
         "A fajfa és génfák közös rekonstrukciója"


Mára több, mint ezer organizmus teljes genomszekvenciája ismert. 
Az ezekben rejlő evolúciós információ feltárása és azok 
hasznosítása, élő, ill. már kihalt organizmusok rendszerszintű 
tulajdonságainak megértése a kortárs biológia egyik legizgalmasabb 
kihívása. Bár maguk a genomszekvenciák rendelkezésünkre állnak, a 
genomevolúció rekonstrukcióját komplikálja a genomokban található 
egyes gének fragmentált, gyakorta látszólagosan ellentmondásos 
története.

Az egyes géncsaládok története ugyanis egyedi topológiával és (a 
szekvenciaváltozás rátáját jellemző) ághosszakkal rendelkező 
génfával jellemezhető. Az egyedi génfák erdejének összehasonlítása 
és a bennük rejlő evolúciós történet megértése csak az ezeket a 
géneket hordozó fajok "történelmének" segítségével lehetséges, ez 
viszont gyakran ismeretlen. Ahhoz tehát, hogy rekonstruáljuk a 
fajok történelmét és feltárjuk a gének történetét, szükséges a 
kettő kapcsolatának explicit modellezése. Ma az az izgalmas 
helyzet áll fenn, hogy a DNS-szekvenálási technológiák, a 
számítógépes módszerek és erőforrások, ill. az algoritmikai és 
matematikai technikák olyan szintre értek, hogy lehetővé teszik a 
szerveződés szintek közötti összefüggéseinek modellezését.

A közelmúltban ezt a lehetőséget megragadva olyan módszereket 
fejlesztettünk ki, amelyek a külön-külön kuszának tűnő 
géntörténetek sokaságát egy, a közös fajfa mentén történő 
evolúciós folyamatként szemlélik. Több tucat teljes 
genomszekvencián alapuló adathalmaz segítségével megmutattuk, hogy 
a fajfa és génfák közös rekonstrukciója drámaian pontosabb 
génfákat eredményez, mint a géncsaládokat külön-külön kezelő, 
kizárólag szekvencián alapuló módszerek. Ez azért jelentős 
felismerés, mert pontosabb génfák segítségével az ősi genomok 
géntartalmáról is pontosabb képet kapunk és lehetőség nyílik ősi 
organizmusok rendszerszintű tulajdonságainak, valamint ősi gének 
közötti interakcióknak a meghatározására.


     1117, Budapest, Pázmány P. sétány 1/A, Északi tömb 2.54
                honlap: http://glu.elte.hu/~statfiz

                   #    #    #    #    #    #